為病人準備冷凍胚胎移植(FET)的方法有兩種，分別為自然週期法和人工週期法。

自然週期法便是依賴女性自身產卵子及女性荷爾蒙的週期，而這對於胚胎移植所需要的子宮內膜形成是必要的。至於不能自然生產卵子的婦女，例如多囊卵巢(PCO)，便可能要用上小劑量的激素輔助。

人工週期法是利用雌激素藥物去刺激子宮內膜的形成，這主要是幫助那些生產卵子有困難的婦女，例如是因為患有嚴重的多囊卵巢症。

我們可以透過陰道超聲波掃描和排卵預測試驗(ovulation prediction test)來確定FET 的時間。一旦發現排卵，2-3天後便可進行冷凍胚胎移植。在進行移植當天，胚胎首先被解凍以恢復其生物活性。然後對胚胎的質量進行評估後，只有至少達到75％的完整卵裂球的良好胚胎才會被選擇作移植。融凍後的胚胎移植程序跟常規的胚胎移植一樣。胚胎移植後，醫生會給與患者黃體素栓劑以鞏固子宮內膜。

胚胎冷凍保存的成功率(妊娠率)
胚胎可以在不同的發展階段冷凍，例如2細胞期，4細胞期，8細胞期或囊胚期等。在這些階段中，只有4細胞期胚胎冷凍保存技術是公認最成功的。在冷凍/解凍過程中，胚胎至少要有75％完整的卵裂球才能達到最大的懷孕機會。