为病人准备冷冻胚胎移植(FET)的方法有两种，分别为自然周期法和人工周期法。

自然周期法便是依赖女性自身产卵子及女性荷尔蒙的周期，而这对于胚胎移植所需要的子宫内膜形成是必要的。至于不能自然生产卵子的妇女，例如多囊卵巢(PCO)，便可能要用上小剂量的激素辅助。

人工周期法是利用雌激素药物去刺激子宫内膜的形成，这主要是帮助那些生产卵子有困难的妇女，例如是因为患有严重的多囊卵巢症。

我们可以透过阴道超声波扫描和排卵预测试验(ovulation prediction test)来确定FET 的时间。一旦发现排卵，2-3天后便可进行冷冻胚胎移植。在进行移植当天，胚胎首先被解冻以恢复其生物活性。然后对胚胎的质量进行评估后，只有至少达到75％的完整卵裂球的良好胚胎才会被选择作移植。融冻后的胚胎移植程序跟常规的胚胎移植一样。胚胎移植后，医生会给与患者黄体素栓剂以巩固子宫内膜。

胚胎冷冻保存的成功率(妊娠率)
胚胎可以在不同的发展阶段冷冻，例如2细胞期，4细胞期，8细胞期或囊胚期等。在这些阶段中，只有4细胞期胚胎冷冻保存技术是公认最成功的。在冷冻/解冻过程中，胚胎至少要有75％完整的卵裂球才能达到最大的怀孕机会。